昌吉市三屯河灌区位于天山北坡中段，准噶尔盆地南缘，介于东疆86°24′33″至87°37′，北纬42°26′30″至45°20′之间。三屯河流域管理处作为三屯河灌区的专管机构，在昌吉市水利局统一领导下，负责昌吉市范围内的农业灌溉供水，并兼顾三屯河上游的防洪度汛工作。受益昌吉市下辖的10个乡镇，82万亩灌溉面积。
三屯河流域管理处下设三屯河水库管理所、西干渠首管理站、东干渠首管理站、九点六公里管理站、十四公里管理站、二十一公里管理站、二畦坪管理站7个直属管理站(所)。灌区主要水源工程为三屯河水库、努尔加水库，骨干输水工程有东、西干渠，总长36.3km，及东、西干渠首，永久性桥梁、涵闸、渡槽等各类建筑物1893座。
